우주세기(U.C.)0079년.스페이스콜로니사이드3에세워진지온공국은지구권전역을통치하는지구연방에독립전쟁을선포한다.지온공국의우세로시작된전쟁은11개월이지나교착상태에빠지고,지온공국군은지구연방군의비밀프로젝트V작전을포착한다.이어V작전에투입된연방군강습함화이트베이스가입항한사이드7을기습공격한다.기습으로혼란에빠진사이드7에서민간인소년아무로레이는우연히지구연방군의신형모빌슈트건담에탑승해지온공국군의자쿠를격파한다.그러나전투로인해대부분의정규승무원을잃은화이트베이스는생도와민간인소년소녀들에게운명을맡긴채,피난민들을태우고출항할수밖에없는상황에놓인다.그렇게아무로역시자연스럽게건담의파일럿이되어전쟁의소용돌이속으로휘말려들어간다.
