자브로공방전이후지구에서의전세는지구연방군쪽으로기울고,전장의중심은우주로옮겨진다.제13독립부대로정식편성된화이트베이스는미끼작전을수행하기위해우주로향하고,중립콜로니군집사이드6에입항한다.그곳에서아무로레이는운명적인여인라라아슨을만나뉴타입으로서서로의마음을교감한다.그러나라라아는샤아아즈나블이지휘하는지온공국군뉴타입부대의파일럿이었고,끝내아무로는전투끝에그녀를자신의손으로죽이고만다.라라아를잃은슬픔에잠길틈도없이,최후의결전의무대는지온공국군의우주요새아바오아쿠로옮겨진다.그리고같은상실을안은아무로와샤아는아바오아쿠에서1년전쟁의마지막을장식할치열한사투를벌이게되는데….